溫度對殺菌滅藻劑殺菌效力的影響，可通過以下的方式起作用：
溫度升高有利于在作用點上的殺菌滅藻劑與菌體代謝中間產物之間的生物化學反應，加速了殺菌滅藻劑效力的發揮。

已經有實驗證明，苯酚對副傷寒桿菌的殺菌力，溫度每增加10℃，殺菌力增強2~3倍。    

當溫度升高時，增加了微生物細胞原生質膜的通透性，甚至會對膜造成損傷，使殺菌滅藻劑更容易進入作用部位；     
溫度升高，殺菌滅藻劑的穿透能力增強，擴散速度加快，便于迅速通過障礙，到達作用部位。